Η καινοτομία του Miyamoto βασίζεται σε μια φιλοσοφία σχεδίασης που δίνει έμφαση στην αλληλεπίδραση και την εξερεύνηση. Δημιούργησε το 1985 δημιουγεί το Super Mario Bros. για το NES, ένα παιχνίδι που καθόρισε το είδος των platformers και έγινε ένα από τα πιο δημοφιλή όλων των εποχών. Το Super Mario Bros. που φέτος κλείνει τα 40 του χρόνια, έφερε επανάσταση στον τρόπο που τα βιντεοπαιχνίδια σχεδιάζονταν, ενσωματώνοντας ομαλή κίνηση, κρυφά μονοπάτια και επίπεδα γεμάτα προκλήσεις.

Το 1986 δημιουργεί, το The Legend of Zelda για το NES το οποίο και άλλαξε τον τρόπο που οι παίκτες αλληλεπιδρούσαν με τα βιντεοπαιχνίδια, προσφέροντας μια ανοιχτή εμπειρία εξερεύνησης σε έναν ζωντανό, διαδραστικό κόσμο. Ο μοναδικός συνδυασμός δράσης και γρίφων ενέπνευσε γενιές προγραμματιστών. Ενώ το 1998 με την κυκλοφορία του The Legend of Zelda: Ocarina of Time στο Nintendo 64 εδραίωσε την καινοτομία της σειράς, εισάγοντας μηχανισμούς που έγιναν σημείο αναφοράς για τα 3D action-adventure παιχνίδια.

Ένα ακόμα παιχνίδι που έφερε επανάσταση ήταν το Super Mario 64, για το Nintendo 64 το 1996, το οποίο εισήγαγε την τρισδιάστατη κίνηση στον κόσμο των video games. Ο τρόπος με τον οποίο η ομάδα του Miyamoto ανέπτυξε την ελευθερία της κάμερας και τον σχεδιασμό των επιπέδων έγινε το σημείο αναφοράς για όλα τα 3D platformers που ακολούθησαν.

Ο Miyamoto επέβλεψε επίσης το Pikmin (2001) για το GameCube, μια σειρά που ανέδειξε μια πιο στρατηγική πλευρά της Nintendo, και το Wii Sports (2006), το οποίο αξιοποίησε τους αισθητήρες κίνησης του Wii, κάνοντας τα βιντεοπαιχνίδια προσβάσιμα σε ένα πολύ μεγαλύτερο κοινό.